Jar2Exe 並不是將 java 轉換成 native 代碼。運行的時候，利用特殊的 ClassLoader 按照 Java 的方式運行。Jar2Exe 進行了兩種處理：

1. 對 Jar 進行了加密，分析 exe 文件的內容中無法提取 jar 文件。
2. 在加密 Jar 文件之前，對 Jar 內部的每個文件名進行 hash 處理，無法逆向恢復 Jar 內部每個文件名。

在進行 Jar2Exe 處理之前，可以增加混淆處理，您提到您已經做了。Jar2Exe 處理之後，可以再進行 Exe 的加密。請參照：http://www.jar2exe.com/solutions/safety

由於最終仍然採用 Java 方式運行，可能我們很難 100％ 防止破解，但我們可以儘可能增加破解的難度。